В эти дни Фукс совершил непростительную ошибку: на вопрос одного из своих друзей, Скиннера, имеют ли основание подозрения в шпионаже, он дал невразумительный ответ. Он также решил, что «Раймонд» (Голд) предал его. Посчитав, что отпираться бессмысленно, Фукс на встрече с ведущим сотрудником британской контрразведки Скардоном 13 января 1950 года признался в том, что передавал Советскому Союзу информацию по атомной бомбе.
2 февраля 1950 года Клаус Фукс был арестован, и ему было предъявлено официальное обвинение. Британские и американские газеты называли его «величайшим шпионом в истории», «человеком, сокрушившим могущество Америки»… Суд состоялся 1 марта 1950 года, без присяжных, в присутствии лишь одного свидетеля, упомянутого выше Скардона. Всё разбирательство заняло всего полтора часа.
Суд приговорил учёного к четырнадцати годам заключения, хотя сам Фукс ожидал смертной казни. Было учтено, что американские атомные секреты он передавал не противнику, а союзнику по войне.
Советское агентство ТАСС, как это водится в практике «шпионских дел», заявило, что «Фукс неизвестен Советскому правительству и никакие „агенты“ Советского правительства не имели к Фуксу никакого отношения».
24 июня 1959 года, после девяти с половиной лет заключения, за примерное поведение Клаус Фукс был освобождён из тюрьмы. Он сразу же направился в Восточный Берлин, хотя имел много предложений от университетов Англии, Канады и ФРГ.
26 июня 1959 года Фукс получил гражданство ГДР. Он был назначен заместителем директора института ядерной физики, женился и активно включился в общественно-политическую жизнь. Был избран членом Академии наук ГДР, членом ЦК СЕПГ, получил государственную премию и орден Карла Маркса.
28 января 1988 года Клаус Фукс умер и был похоронен с почестями. К сожалению, среди его наград, которые несли на красных подушечках участники траурной церемонии, не было ни одной советской.
